Ngày 15 tháng 9 năm 1969, giải thể huyện Hạ Lang, xã Cô Ngân được sáp nhập vào huyện Quảng Hòa.[3]

Ngày 1 tháng 9 năm 1981, xã Cô Ngân được chuyển về huyện Hạ Lang vừa tái lập.[4]

Đến năm 2019, xã Cô Ngân được chia thành 10 xóm: Bản Khúa, Bản Làng, Nà Thúng, Bản Nưa, Bản Nhôn, Bản Nha, Pác Luông, Bản Rạc, Bản Thưn, Pác Khọn.

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, sáp nhập hai xóm Bản Rạc và Nà Thúng thành xóm Bản Rạc Nà Thúng.[5]